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Survie de investigation de PEDv dans des stockages de terre d'engrais

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Les derniers résultats de Manitoba au sujet de quelle survie d'affects de ce virus dans des stockages de terre d'engrais.

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En tant que chacun qui cultive le porc en Amérique du Nord sait, virus épidémique porcin de diarrhée (PEDv) est un sérieux problème même. Plus de huit millions de porcs sont morts de lui depuis début 2013, et plusieurs fermes canadiennes de porcs ont été identifiées comme PEDv-positives avec des infections récurrentes.

L'éradication de PEDv des fermes où elle est présente est un but dur à réaliser, et l'une des considérations les plus importantes est comment l'engrais infecté est manipulé et contrôlé. Dans Manitoba, les fermes de porcs épicerie leur engrais dans des stockages de terre d'engrais (EMSs ; parfois désigné sous le nom des lagunes). Ces stockages extérieurs d'engrais sont évidemment plus froids que les puits et, contrairement à ce que l'on a pourrait penser, le PEDv de sous-grange fait bien dans elles parce qu'il aime les températures plus froides.

Mais combien de temps le virus survit-il en engrais SME-stocké, et dans quelles conditions ?

Une étude à découvrir a été lancée la première fois en 2014 par l'initiative de gestion d'engrais de bétail de Manitoba (MLMMI), dirigée par l'assistant d'Ehsan Khafipour et de la microbiologie gastro-intestinale dans les départements de la science animale et de la microbiologie médicale à l'université de Manitoba.

Découvrir combien de temps le virus peut survivre – et ce qui affecte sa capacité d'infecter – est critique pour la gestion d'engrais.

« La plupart des producteurs de porc dans Manitoba appliquer leur propre engrais en le sous-traitant chaque année, » explique Mark Fynn, directeur de garantie de la qualité et de programmes des soins des animaux au Conseil de porc de Manitoba (qui fournit le placement pour la recherche de MLMMI). « Ces applicateurs utilisent les machines qui vont à de nombreuses fermes de porcs dans une saison et ont le potentiel pour les virus de transport entre les fermes, d'autant plus qu'il est si difficile d'obtenir les machines impeccablement propres. »

Fynn dit que puisque le risque de transmission de virus du PED par la propagation d'engrais a été inconnu, les agriculteurs n'étaient pas disposés à prendre les risques de avoir l'équipement d'application d'engrais utilisé aux sites PEDv-souillés étant employés à leurs propres fermes.

« Nous avons dû pouvoir mesurer le risque que l'engrais lagune-stocké a posé à l'industrie, » il dit. « Et répondre à la question de si le virus est encore viable, et donc constitue toujours une menace, plusieurs mois après une manifestation. »

Les objectifs d'étude étaient de surveiller la survie et l'infectiosité de PEDv dans EMSs infecté, et d'examiner dans le laboratoire comment les différentes températures et périodes d'incubation affectent PEDv. Deux EMSs infecté distinct ont été prélevés en automne de 2014 avec un deuxième rond de l'échantillonnage en printemps en retard 2015.

L'échantillonnage a été soigneusement fait pour s'assurer que PEDv n'a pas écarté des sites d'activité de recherche.

« Nous avons dû supposer que la lagune a été fortement infectée et tout qui se trouvait sur le chantier – équipement et personnel – soyez également infecté, » indique Harvey Chorney, le vice-président des opérations de transport à l'institut de machines agricoles de prairie (PAMI), un associé dans la recherche. « Nous avons apporté les protocoles qui ont inclus une tente de changement avec les côtés qui ont séparé les vêtements de rue propres et

“site” supposer-à-être-souillé vêtements. »

De seuls échantillons d'engrais – stockés dans des conteneurs de double-couche – ont été enlevés des sites par le personnel portant les vêtements et les bottes propres. Des véhicules qui ont porté les échantillons ont été garés à la route et lavés après chaque échantillonnage. Les échantillons ont été transférés à un autre véhicule avant d'être prise à l'université du laboratoire de Manitoba pour l'analyse.

« À la fin de l'échantillonnage, de tous déchets et d'équipement [qui] ne pourrait pas être stérilisé a été brûlé sur le site, » Chorney ajoute. Un « plus grand équipement a été exposé pendant une période de chauffer pour tuer n'importe quel PEDv possible qui pourrait être présent. L'entretien de la discipline était critique dans le protocole suivant que nous avions établi. Nous avons eu non la propagation du virus ainsi nous assumons le succès. »

Résultats

L'analyse de laboratoire a indiqué que PEDv pourrait survivre et être contagieux pendant au moins neuf mois dans EMSs infecté, en conditions climatiques de Manitoba. Baisses d'infectiosité de PEDv au pH moins de 4 et plus considérablement que 9 (avec 7 étant neutres). Le pH de l'EMSs a varié de 6,6 à 8,4 avec le de pH faible à la couche inférieure et le plus haut dans la couche supérieure, qui est dans la marge pour que PEDv reste contagieux.

« Généralement PEDv favorise le pH neutre mais peut tolérer un éventail entre pH 5 et 9, » Khafipour note. « Cependant, la température est un facteur. PEDv est en activité dans la gamme de pH entre 5 et 9 à 4 Celsius par exemple, mais la gamme se rétrécit vers le bas avec la température accrue à entre 6 et 8 à 37 Celsius. Cependant, indépendamment de la température, les virus ont complètement perdu la capacité de replier au pH moins de 4 et plus de 9."

Il était a également noté que la population de virus dans EMSs a augmenté approximativement pendant cinq mois après que l'engrais infecté a été placé dans eux.

« Ceci suggère que PEDv puisse replier dans un SME à l'aide d'un autre centre serveur sans compter que des porcs, » Khafipour dit. « Dans les deux sites, les tuyaux d'entrée à l'EMSs ont été scellés avant l'échantillonnage ont démarré, ainsi il n'y avait aucun apport d'engrais frais, lavage l'eau ou les désinfectants pendant l'étude. Dans ces conditions, nous avons compté que la population de virus resterait l'écurie ou la baisse au fil du temps. »

Cependant, dans SME #1, la charge virale a augmenté de manière significative après la troisième semaine de l'échantillonnage dans chacune des trois couches, et elle a augmenté de manière significative pendant le premier ressort dans SME #2. Ceci ne pourrait pas avoir été dû à l'évaporation de l'eau (qui augmenterait la concentration du virus par ml), mais peut seulement être parce que le PEDv replie dans le SME en dehors de son hôte typique (porc).

On le sait déjà que PEDv peut replier en cellules mammifères autres que des porcs, mais Khafipour dit dans ce scénario de SME, les centres serveurs alternatifs sont vraisemblablement les protozoaires unicellulaires ou l'amibe.

Le « SME habitent naturellement quelques amibe et protozoaires, mais nous aurions besoin davantage de recherche pour étudier cet aspect de la survie de PEDv, » il explique. « Ce qui nous faisons actuellement regarde comment le PEDv a pu avoir évolué dans les échantillons rassemblés en chute de 2014 au début de l'été de 2015. Bien que PEDv pourrait pouvoir replier dans un SME, sa capacité d'infecter des baisses au fil du temps. Ceci pourrait être parce que la génération après génération du virus dans le centre serveur alternatif le fait pression sur pour évoluer des manières qui abaissent sa capacité d'infecter son hôte précédent – porc. »

Du SME les sites étaient positifs aussi bien pour le syndrôme respiratoire aigu grave porcin de delta (PDcoV). Khafipour a constaté que PDcoV survit dans le SME au-dessus d'un hiver de Manitoba, mais il n'a pas examiné son infectiosité.

Recommandations de gestion d'engrais

Une fois que le ressort arrive, il y a plusieurs directeurs importants d'engrais de directives et les applicateurs devraient observer en répandant l'engrais PEDv-positif qui est stocké tout l'hiver long.

« PEDv est plus sensible aux +20 températures Celsius, qu'au fil du temps, peut de manière significative réduire sa population, ainsi plus vous pouvez la laisser s'asseoir dans l'été longtemps, plus le meilleur, » dit directeur exécutif John Carney de MLMMI. « L'heure optimale de répandre l'engrais PEDv-positif est probable des jours chauds et secs. La lumière du soleil [rayonnement UV] et les températures plus chaudes peuvent réduire la capacité du virus d'infecter et ont prolongé l'agitation d'un SME infecté peuvent faciliter en exposant le contenu du SME à ces conditions. »

On lui recommande également qu'obstacle de producteurs et traiter l'engrais infecté dans des puits de sous-grange avant de pomper l'engrais dans EMSs où il pourrait potentiellement s'épanouir.

« Quand pompant l'engrais, » Carney ajoute, les « applicateurs devraient suivre un ordre, commençant par les sites PEDv-négatifs, suivis des sites avec du plus long temps depuis une manifestation aux sites où PEDv a été récemment rapporté. »